Las décadas de los 40 y los 50 forman parte de una ÉPOCA OSCURA en el Real Zaragoza, ya que el equipo vaga sin pena ni gloria y combina la alegría de los tres ascensos con la pena de sus correspondientes descensos.

La década de los 40 comienza con la consecución del Campeonato de España de Aficionados.

El fútbol experimenta un gran auge y durante la temporada 1947-1948 se solicita que, para que los jugadores sean más fácilmente identificables, sus camisetas vayan numeradas del 1 al 11, solicitud a la que accede la FIFA. Desde ese año todas las camisetas van numeradas.

El día 30 de marzo de 1951, en Asamblea General Extraordinaria, se aprobaron varias modificaciones de los Estatutos, entre las que destacó el cambio de denominación del Club Zaragoza F.C. por Real Zaragoza C.D. Por ello, igualmente, se modificó el escudo del Club, llevando desde entonces la corona real.

En la temporada 1956/1957 se acordó la colaboración con la Unión Deportiva Amistad, la cual se convirtió en filialidad desde la temporada siguiente hasta la 1960-1961, año en el que ya existían las categorías inferiores del Real Zaragoza y el equipo de juveniles, que jugaba en el Campo del Arrabal. Era entrenado por Juanito Jugo. El equipo ha tenido otras denominaciones, como la de Deportivo Aragón, hasta la actual: Real Zaragoza B.