En la temporada 99-00 el Real Zaragoza llegó a la última jornada con posibilidades de proclamarse campeón de Liga. Durante este año también se construyó uno de los orgullos del zaragocismo, EL PABELLÓN MULTIUSOS ALFONSO SOLÁNS SERRANO.

El 29 de noviembre de1996, D. Alfonso Soláns Soláns se hace cargo del Club, continuando con la línea de gestión de su padre.

La consecución de la Recopa coincidió con el punto álgido de una generación de jugadores, como Cedrún, Belsue, Solana, Higuera, Pardeza o Nayim, que debido a su edad obligaban al club a emprender una etapa de renovación y rejuvenecimiento de la plantilla.

Este proceso se realizó con un gran éxito , ya que de la mano de Chechu Rojo, los blanquillos llegaron a Mestalla en el último partido de Liga con opciones de conseguir el título, pero al final tuvieron que conformarse con la clasificación para la Copa de la UEFA, volviendo de esa manera a Europa 4 años más tarde.

Ese equipo realizó una campaña espléndida, hecho que no pasó por alto el seleccionador nacional José Antonio Camacho, que convocó a Paco Jémez, Marcos Vales y Juanmi, para la Selección Nacional.

En esta época el Club realizó grandes fichajes, entre los que destacó el del delantero centro bosnio Savo Milosevic, que después de dar un excelente rendimiento durante dos temporadas, fue traspasado al Parma Italiano. Su traspaso fue el más alto de la historia del Real Zaragoza, S.A.D. y uno de los más importantes del fútbol europeo.

El 30 de marzo de 2000 se inauguró otro de los orgullos del zaragocismo, el Pabellón Multiusos Alfonso Soláns Serrano. Unas instalaciones modélicas que conforman uno de los tesoros del zaragocismo y constituyen un espacio de ocio para todos los aficionados.

El complejo consta de unas nuevas oficinas; La Tienda, donde se venden los productos oficiales del Real Zaragoza S.A.D.; El Museo, donde se puede dar un repaso a toda la vida del Club y contemplar todo tipo de curiosidades de su historia y El Gimnasio, un centro de salud a disposición de toda la ciudad.

-En la temporada 2000/2001

Una de las menos brillantes de los últimos años en cuanto a clasificación en la liga y participación europea, pero sin embargo de nuevo Campeones de la Copa de España por quinta vez, Copa de S. M. el Rey en su XXV edición, y por tanto, clasificados para disputar en la temporada siguiente competiciones europeas. En la final disputada en La Cartuja de Sevilla el equipo dirigido por Luis Costa venció por 3-1 al Celta, entrenado entonces por Víctor Fernández. Los goles zaragocistas fueron marcados por Aguado, Jamelli y Yordi.

-En la temporada 2001/2002

Termina la Liga en la última posición y regresa, tras un año fatídico, a la División de Plata tras haber permanecido ininterrumpidamente 24 temporadas en Primera División.

-En la temporada 2002/2003

Consigue, después de una difícil temporada en segunda división , el retorno a la categoría que un Club como el Real Zaragoza merece, la Primera División del fútbol español.

-En la temporada 2003/2004

El 17 de Marzo de la temporada 2003/2004 logra proclamarse CAMPEÓN DE LA COPA DE S. M. EL REY tras derrotar al Real Madrid por 2-3 en el Estadio Olímpico de Montjuic.

Los tantos zaragocistas fueron marcados por Dani, David Villa y el decisivo por Galletti, en el segundo tiempo de la prórroga. Como campeón de Copa el Real Zaragoza adquirió el derecho para disputar la Supercopa contra el Campeón de Liga.

-En la temporada 2004/2005

El 24 de Agosto de 2004, el Real Zaragoza conseguía el título de la Supercopa al vencer al Valencia, en Mestalla, por 1-3, a pesar del resultado adverso del partido de ida 0-1 celebrado el día 21 de Agosto.

-En la temporada 2005/2006

El Real Zaragoza disputa su undécima final de la Copa de S.M. El Rey, el día 12 de Abril de 2006 en el estadio Santiago Bernabeu, con el R.C.D. Espanyol perdiendo por 4-1. Antes había disputado una gran competición, eliminando consecutivamente al Atlético de Madrid, el Barcelona y el Real Madrid

El 14 de febrero el Real Zaragoza consiguió uno de los triunfos más espectaculares de su historia al golear por 6-1 al Real Madrid en la ida de las semifinales de Copa con 4 goles de Diego Milito y 2 de Ewerthon.

-El nuevo Real Zaragoza

El 25 de mayo del 2006 Alfonso Soláns Soláns firma la venta del paquete mayoritario de acciones del Real Zaragoza. Agapito Iglesias se convierte en el máximo accionista del club y emprende una renovación completa de la entidad.

El 7 de junio Eduardo Bandrés presenta la dimisión como consejero de Economía y Hacienda del Gobierno de Aragón para asumir la presidencia del Real Zaragoza.

El nuevo proyecto cuenta con el retorno de Víctor Fernández al banquillo del Real Zaragoza y realiza seis importantes fichajes (Aimar, D’Alessandro, Juanfran, Sergio Fernández, Piqué y Diogo) que relanzan las ambiciones del equipo y la ilusión de los aficionados zaragocistas.

El Real Zaragoza termina sexto la Liga 2006-2007 y se clasifica para la Copa de la UEFA. En el verano del 2007 continúa reforzándose el equipo de manera notable realizándose ocho fichajes: Ayala, Matuzalem, Pavón, Paredes, López Vallejo, Luccin, Oliveira y Gabi.

-La pesadilla del descenso

Muy buenas eran las espectativas creadas desde todo el entorno del equipo pero, sin embargo, la temporada se convierte en una pesadilla. En la Copa de la UEFA se cae a las primeras de cambio frente al Aris de Salónica y justo al final de la primera vuelta, tras nueve partidos sin conocer la victoria, Víctor Fernández es sustituido por Ander Garitano, quien dimite a los diez días de asumir el cargo de entrenador por “motivos personales”. El tercer técnico de la temporada es Javier Irureta, quien también dimite en el mes de marzo y es reemplazado por Manolo Villanova. Al final de la Liga, el equipo acaba en decimoctava posición y desciende a Segunda División, pese a haber tenido la plantilla más costosa de la historia del club.

-El retorno a Primera División

En el verano de 2008, Marcelino García Toral es el técnico elegido para devolver al Real Zaragoza a su sitio natural. La temporada comienza con algunas dudas, pero poco a poco el equipo va haciéndose a la categoría y, gracias al gran rendimiento e implicación de todo el conjunto, reforzado en varias ocasiones por jugadores de la cantera, consigue finalizar la temporada con números récord en la historia del club: la mayor puntuación en competición oficial en 76 años y la mejor racha de partidos consecutivos sin perder, un total de 17. El Real Zaragoza, tal y como manifiesta el entrenador después de la última derrota en Elche (jornada 25), no vuelve a perder en toda la temporada. El ascenso se celebra en las calles de Zaragoza con gran júbilo el sábado 13 de junio después de derrotar al Córdoba en La Romareda por 3 a 1.